上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女陈源认出边萦和边昌的时候,追杀的和被追杀的几十人也都看见了飞奔过来的陈源,于是很奇异的一幕出现了,除了还在飞奔过去的陈源,追杀的和被追杀的居然纷纷被领头的喊住了。友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。
此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脫离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。